Uppsala, 1907. Nella provincia svedese, una facoltosa famiglia borghese festeggia il Natale nella casa di nonna Helena. Tra i numerosi componenti degli Ekdahl, ci sono due bambini, Fanny e Alexander, figli del direttore del teatro locale, Oskar. È attraverso il loro sguardo visionario che possiamo osservare l’intera vicenda. Poco dopo i festeggiamenti, Emilie, la giovane madre dei due bambini, rimane vedova per l’improvvisa morte del marito. Dopo alcuni mesi finisce con lo sposare il vescovo Vergérus. Per Fanny e soprattutto per Alexander, il mondo cambia per trasformarsi in un incubo ad occhi aperti. Abbandonati i giocattoli e il calore della casa d’infanzia, dovranno adattarsi alla rigida vita canonica e all’austera dimora nei pressi della Cattedrale. Tra fatti tragici avvenuti prima del loro arrivo e l’inquietante presenza delle sorelle del vescovo, per Emilie e i figli la vita diventa opprimente. La realtà e la fantasia si mescolano e solo grazie all’intervento magico di Isak Jacobi, antiquario ebreo e amico di famiglia, i due bambini potranno sperare di salvarsi dalle grinfie del patrigno.